民航局自大陸遷臺初期，由於民航範圍甚小，又限於人力、設備及經費之不足，並未設立專責航醫機構，當時航空人員之體檢係採委託方式，利用空軍航醫組及民間醫務單位代為辦理，由於無法做適當之監督管理，導致體檢品質甚難掌握，檢查寬嚴不一，要求亦欠公正，故時有弊端發生，對飛航安全構成一大隱憂。

        民航局為改進此一缺失，落實體檢要求標準，遂於民國58年開始蒐集有關資料籌設航醫專責單位，定名為「民用航空醫務中心」(以下簡稱航醫中心)，於59年8月試辦，一年後經檢討效果良好，航醫中心遂於60年8月18日正式成立。

        航醫中心目前係由民航局所設置之「航空醫務審議會」督導，並接受委託執行航空人員之體格檢查等業務，在有限之人力、物力條件下，勠力為我國建立了現代之良好體檢系統與航醫制度，其專業及效率等亦深為國內各航空公司所信賴。

        為因應日趨繁重之航空體檢作業需要及配合臺北國際航空站實施一、二航廈功能調整，航醫中心經民航局核定將原華航空服訓練館室內空間重新規劃設計及施工整修，並增購新穎體檢設備等，於民國108年6月20日搬遷至現址作業，以提升航空體檢水準，維護飛航安全，貢獻心力。